Der Stiftungsrat besteht aus mindestens neun Personen. Fünf Mitglieder des Stiftungsrates werden von der Mitgliederversammlung des Fördervereins der Bürgerstiftung Villingen-Schwenningen e.V. gewählt, drei vom Gemeinderat der Stadt Villingen-Schwenningen. Die Amtszeit beträgt fünf Jahre. Wiederwahl ist möglich. Die Wählbarkeit zum Stiftungsrat für vom Gemeinderat zu wählende Mitglieder setzt nicht die Zugehörigkeit zum Gemeinderat voraus. Der Oberbürgermeister der Stadt Villingen-Schwenningen ist kraft Amtes Mitglied im Stiftungsrat und dessen Vorsitzender. Er ist allerdings nicht stimmberechtigt.